多肽和蛋白的相互作用
检测与某一多肽相互作用的物质，最简单的方法就是利用此多肽做亲和pull-down实验，然后直接检测结合蛋白。蛋白质体外结合(Pull-down)试验可用于验证蛋白-蛋白相互作用的存在（经由别的研究方法预测过的，如免疫共沉淀）和作为一种初级的筛选试验来识别一些未知的蛋白-蛋白相互作用。通过竞争性阻断结合，合成肽通常被用来验证被假设的蛋白质-蛋白质相互作用。
生物素标记肽含有一个特殊的功能区和相当于参照的未修饰肽，此肽可被锚定在亲和素共轭的磁珠上，将这些磁珠与目标样本共同孵育（如核提取物或纯化的重组蛋白），通过洗涤去除未结合的蛋白，然后洗脱结合的蛋白质， SDS/ PAGE分析，经蛋白染色即可直接观察。通过比较分别与修饰和未修饰多肽相结合的蛋白质，即有可能确定候选者，即特定功能蛋白的“reader”蛋白。
带有一些特殊修饰的生物素标记肽可以通过化学合成，纯度达80％以上。肽长度应该在15-20个氨基酸。目标修饰位于序列中间时，两翼氨基酸残基不能少于6-8个。一般情况下，生物素多被偶联在N末端或C末端。如果无特殊要求，我们建议生物素偶联至N-末端，其优势是修饰的成功率更高，生产的时间更短，并且易于操作。此外，如果偶联至C-末端，需要额外增加一个赖氨酸。
生物素标记肽的Pull-down实验方案
生物素标记肽可与亲和素磁珠共轭以生成树脂，用于肽pulldown试验。先把生物素标记肽上样至Immobilized streptavidin beads (Pierce) 锚定有亲和素的磁珠上，再与细胞裂解液孵育。细胞裂解于1％（v/v）Nonidet P-40, 150 mM sodium chloride, 50 mM Tris-HCl, pH 7.5, protease inhibitors (Complete Tablets, Roche Applied Science),
加入 1 mM sodium orthovanadate作为磷酸酶抑制剂。等量的蛋白质分别与被锚定的多肽在4℃孵育6小时。经过大量洗涤，在SDS样品buffer中煮沸，结合蛋白可从被锚定的多肽洗脱下来，或者，用50 mM dithiothreitol将多肽与蛋白复合物从磁珠中断开。将来自活性肽和对照目标肽pull-downs的洗脱液合并，以作进一步的分析。
上图为链霉亲和素-生物素键力测量示意图。由于它们异常高的亲和结合性，其中最突出的配体-受体对是链霉亲和素-生物素（streptavidin-biotin）和亲和素-生物素（avidin-biotin）。 这两种蛋白质都有一个四聚体的结构，这样他们可以结合4个配体。
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